马其顿海关总署（Republic of Macedonia The Customs Administration）是马其顿一个法律实体和公共管理机构，它是马其顿财政部下属机构。直到1991年，海关总署已在南斯拉夫政府中工作。在海关总署创建后不久，马其顿共和国宣布独立。

1992年4月14日，马其顿共和国议会通过海关法建立马其顿海关总署，其职责负责马其顿海关和海关税收的管理和监督。