科学博物馆（National Museum of Nature and Science）是日本一家科学博物馆，位于在东京上野公园东北角。

科学博物馆在1871年开业，已经更改过好几个名字，其中包括：教育部博物馆，东京博物馆，东京科学博物馆，日本科学博物馆，以及2007年的科学博物馆。它在上世纪90年代和2000年代重新装修过，并提供各种各样的自然历史展览和互动科学体验。